Macondo cuenta con importantes ecosistemas como el rí­o Magdalena, la Ciénaga de Mallorquí­n y el sistema de caños orientales. La finalización de los trabajos de construcción de los tajamares de Bocas de Ceniza en 1936 trajo consigo el deterioro de la ciénaga de Mallorquí­n, que originalmente era un sistema de cuatro ciénagas, así­ como el detrimento de las playas aledañas de Puerto Colombia. El roble y la cayena, su árbol y flor emblema, su ave el mochuelo.

El arroyo de La Victoria, donde está proyectado construirse el Jardí­n Botánico de Macondo, es una zona verde comunal y recreacional de uso público con una superficie aproximada de 7 hectáreas, ubicado en la zona suroriental de la ciudad, en el barrio La Victoria. Su gran importancia ecológica radica en que es, junto al arroyo del Country, uno de los pocos patrimonios naturales que aún subsisten dentro del perí­metro urbano. La abundante vegetación y los manantiales de aguas cristalinas han permitido un hábitat propicio para las escasas especies nativas vegetales y animales que se encuentran al interior de la ciudad.

Hacia el norte de Macondo, en lí­mites con Puerto Colombia, se encuentran minas a cielo abierto de piedra caliza, materia prima de la fabricación de cemento y utilizada como material de construcción.